1.剖析實驗使用的類型
一般抗體闡明書都列出該抗體經實驗驗證過適用于何種剖析類型，假如抗體闡明書沒有提及的使用類型，并不意味著該抗體不適用于此種剖析使用類型，而僅是闡明尚未經過此種剖析實驗驗證，假如抗體不適用某些剖析實驗，則會在抗體闡明書上標注出來不適于某剖析實驗。
2.樣本的物種
應挑選物種相同或有穿插反響的抗體，抗體可能與不同物種的同種靶蛋白有穿插反響，因其氨基酸序列同源性較高，假如樣本的種類未列入抗體闡明書上的穿插反響種屬表中，并不意味著該抗體不適用于檢測該物種的蛋白，而僅僅表明該物種尚未用此抗體檢測驗證過，應經過序列比對的辦法來猜測穿插反響，可使用Expasy 和 NCBI BLAST來進行不同物種蛋白同源性比對。
3.樣本蛋白的結構性質
了解樣本蛋白的結構性質有助于挑選*適宜的抗體，至少兩方面因素需求考慮:
1）.待測樣本蛋白的結構域：抗體是由各種不同免疫原免疫宿主而制備得來，其中的免疫原包含：全長蛋白、蛋白片斷、多肽、全有機體（如：細菌）或細胞，抗體闡明書一般都有免疫原的描繪，假如打算檢測的是蛋白片斷或一種特殊的同型物或蛋白全長的某一區(qū)域，則必須挑選用含此片段域的免疫原制備出的抗體。
2）.樣本的提取或處理進程：某些抗體要求樣本經過某些特殊處理，例如：許多抗體只識別還原和變性的、表位已暴露不受二級四級結構阻礙的蛋白樣本，另一方面，某些抗體僅識別天然折疊狀態(tài)的蛋白。
4.一抗宿主物種的挑選
一般說來，在使用偶聯(lián)二抗結合無偶聯(lián)物的一抗時，一抗宿主動物的物種挑選較為重要，關于免疫組化而言，盡可能挑選與樣本不同種系物種的一抗，從而避免二抗與樣本內源性免疫球蛋白發(fā)生穿插反響
5.二抗的挑選
二抗應選用與使用的一抗相同的物種來歷，主張檢查二抗闡明書保證該抗體適用于你的檢測使用， 二抗一般連接熒光素FITC或發(fā)光團。
6.兩層染色抗體的挑選
用未偶聯(lián)一抗進行細胞培養(yǎng)物或安排切片的兩層免疫染色要求一抗來歷于不同物種而且二抗別離識別其中，二抗闡明書應描繪其與其它物種來歷的免疫球蛋有否有穿插吸附。
7.熒光和化學發(fā)光符號
連接于二抗的符號物是為了檢測抗體的結合，挑選符號物依賴于幾個參數(shù)：
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